位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 小西克幸 森川智之 泽城美雪 逢坂良太 石上静香 东山奈央 种崎敦美 关俊彦 浪川大辅 上田丽奈 江原裕理 石田彰 日野聪 小山力也 榎木淳弥
峰田大梦 伊南羽桜 川井田夏海 稗田宁宁 中岛良树 市道真央 世界（EXILE FANTASTICS） 南条爱乃 小山刚志 金元寿子 日野聪 田村真佑
水中雅章 前野智昭 柿原彻也 小林裕介 平川大辅 森久保祥太郎 松冈祯丞 木岛隆一 堀江瞬 八代拓 村瀬步 内田雄马 天崎滉平 谷山纪章 河西健吾 山下大辉 铃木达央 大塚刚央
正在加载